تشكل مجلس أمناء الطوارئ الطبية بقرار من الدكتور مصطفى مدبول رئيس مجلس الوزراء حيث حدد القانون رقم 139 لسنة 2021 الخاص بإنشاء الصندوق التشكيل الخاص بمجلس الأمناء، حيث نص على أن يُشكل مجلس الأمناء برئاسة رئيس مجلس الوزراء، وعضوية كل من:
محافظ البنك المركزي المصري، وينوب عن الرئيس حال غيابه.
وزير الصحة والسكان.
وزير المالية.
وزير التعليم العالي والبحث العلمي.
وزير التضامن الاجتماعي.
فضلا عن ثلاثة أعضاء من الشخصيات العامة وذوى الخبرة، يختارهم رئيس مجلس الوزراء، لمدة أربع سنوات قابلة للتجديد لمدة أخرى مماثلة.