لم تقف مشروعات النقل عند إنشاء الكباري العلوية والطرق البرية فقط، بل امتدت تلك المشروعات لهيئة مترو الأنفاق إيمانًا بدور تلك الوسيلة وأهميتها لدى المواطنين.
وتخطط الهيئة القومية للأنفاق، لتنفيذ عدد من المشروعات خلال الخمس سنوات، وتتضمن هذه الأعمال مد مترو الأنفاق إلى مناطق جديدة مثل مدينة نصر وقليوب، إضافة إلى تنفيذ أنفاق في محافظتي الإسماعيلية وبورسعيد.
ومن أهم هذه المشروعات التي تستقبلها هيئة مترو الأنفاق:
محطة هليوبوليس مصر الجديدة.
تعتبر أكبر محطة مترو فى مصر ومن أكبر محطات المترو فى أفريقيا والشرق الأوسط، ومن ضمن المحطات المدرجة ضمن الجزء الأول من المرحلة الرابعة بالخط الثالث للمترو المار بمصر الجديدة، وكان من المخطط افتتاحها مع باقى محطات الجزء الأول من المرحلة الرابعة بالخط الثالث.
الخط الخامس
يبدأ الخـط الخامس مـن منطقة الوفاء والأمل بمدينة نصر ثـم شـارع الدكتور حسـن الشـريف بمنطقة الحي الثـامن بمدينة نصر ويستمر فـي شـارع مصطفى النحاس ثم شـارع حسن المأمون ثم النادي الأهلي بمدينة نصر ثـم أسـفل طـريق النصر حتى يتقاطـع مـع شـارع النزهة ويستمر أسـفله حتى كـوبري النزهة ثم مـيدان الجلاء وشارع أبو بكر الصديق ليتقاطع مـع الخـط الثالث في مـحطة هارون ثم أسفل شارع أبو بكر الصديق بمصر الجديدة ويقطع أسفل شارع جسر السويس ليتقاطع مع ميدان ابن الحكم ويستمر ليتقاطع مع الخط الأول للمترو في محطة حلمية الزيتون ويستمر حتى ميدان المطرية ثم يتجه الي شارع الاميرية ليتقاطع مع الخط السادس في ميدان السواح ثم شارع مجمع المصانع ويعبر أسفـل السكة الحديد إلى شارع أحمد حلمي.
ثـم يتجه الى ميدان المماليك أسـفل كوبري منشأة الجمل ثم شارع معمل الألبان ويستمر حتى ميدان الخلفاوي ليتقاطع مع الخط الثاني في محطة الخلفاوي ثم شارع جسر البحر مروراً بكوبري الساحل حتى منطقة الساحل نهاية هــذا الخط بطول حوالي 24 كم و17محطة.
الخط السادس
ويبدأ من منطقة الخصوص عند مخرج 18 من الطريق الدائري ثم يستمر بمحازاة ترعة الاسـماعيليه حتى مـنطقة شـرق شـبرا الخيمة ثم يستمر حتى مـيدان السـواح ( التقاطع مع الخط الخامس ) ثم أعـلى شارع بـورسعيد حتى منطقة غمرة ( التقاطع مع الخط الأول) ثم باب الشعرية ( التقاطع مع الخط الثالث) ثم ميدان السيدة زينب ثم حديقة الفسطاط ليتقاطع مـع الخط الـرابع ويستمر إلى مـنطقة المعادي الجديدة بجوار منطقة القمر الصناعى نهاية هــذا الخط يبلغ طـول الخط حوالي 30 كيلومتر وعدد 24 محطة الجزء الأول مـن منطقة الخصـوص وحتى غمرة بطـول 13.3 كم على جسر علوي نتيجة وجود نفق الصرف الصحي الرئيس مـحافظة القاهرة
ويستمر إلى مـنطقة المعادي الجديدة بجوار منطقة القمر الصناعي نهاية هــذا الخط يبلغ طـول الخط حوالي 30 كيلومتر وعدد 24 محطة الجزء الأول مـن منطقة الخصـوص وحتى غمرة بطـول 13.3 كم على جسر علوي نتيجة وجود نفق الصرف الصحي الرئيس مـحافظة القاهرة
مترو قليوب
سيتم مد الخـــط الثاني للمترو بطــــول ٧٫٨ كم وعـــــدد (من ٤ إلى ٥ محطات) محطات سطحيـــة (بصفة مبدئيـــة حيث لم يتم حسمھا حتى الأن) من محطة شبرا الخيمة جھه الشرق موازيًا لخطوط السكة الحديد الحالية حتى شمال قليوب بحيث يكون المسار داخل حرم أملاك السكة الحـــديد قـــدر الإمكان وذلك لتقليل أعمال نزع الملكية مع إنشاء محطة تبادلية بقليوب لتبادل الخدمة مع السيارات القادمة من محــــافظات الوجه البحري إلى داخل القاھرة الكبرى.
مترو الإسكندرية
يمتد من أبو قير شرقًا حتى الكيلو 21 العامرية غرباً ماراً بوسط المدينه بطــول إجمالي حوالي 43 كم على أن يعتمد الخط على مسار خط سكة حديد أبو قير الحالي في المسافة من أبو قير إلى محطة مصر بطول حوالي 22 كم يمكن تنفيذه على ثلاث مراحل.
أنفاق أسفل قناة السويس بمنطقة الإسماعيلية
يربط بين شبه جزيرة سيناء ومدينة الإسماعيلية والوادي والدلتا وسهولة الإنتقال فيما بينهم ، لذا فهو يحظي بإهتمام من الحكومة المصرية.
المشـروع المقترح عبارة عــن ثلاثــة أنفاق منها نفقين للسيارات ونفق للسكك الحديدية أضيف عليها مقترح نفق رابع لنقل مياه تـرعة الإسماعيلية للجانب الشرقي مـــن القناة في حال رغبة الجهــات المعنيـــة وموافقــة الجهات السيادية الأمر الـذي سيساهـم إلى حـــد كبير في بــرامج التنمية والزراعة بسهل الطينة بسيناء .
أنفاق السيارات والسكة الحديد جنوب بورسعيد
يصـل طول مجرى قناة السويس حوالي 162 كم وعرضها حوالي 300 متر وهي تفصل شبه جزيرة سيناء عـن الدلتا ولا توجد وسيلة للربط بينهما سوى نفق الشهيد أحمد حمدي عند مدينة السويس وكوبـري السلام عند مدينة القنطرة وهي محدودة الإستيعاب لذا يعتبر المشروع هو الذي يربط الطريق الدولي الساحلي ليصل الي حدود مصر الشرقية وإلي مناطق التنمية شرق القناة في الجزء الشمالي