أعلن نادي أرسنال الإنجليزي في 14 يناير 2016 التعاقد مع لاعب خط الوسط المصري محمد النني قادما من بازل السويسري، بعد طلب مدرب الجانرز السابق آرسين فينجر.
واحتفل النني بمرور 7 سنوات على انتقاله لفريق أرسنال الإنجليزي قادمًا من بازل السويسري، وانتقل إلى بشكتاش التركي.
وفاز بكأس الاتحاد الإنجليزي مرة واحدة مع الجانرز في 2017 بجانب لقبين للدرع الخيرية في 2018 و 2021.
لعب النني مع أرسنال 155 مباراة في جميع المسابقات وتمكن من تسجيل 6 أهداف وقدم 10 تمريرات حاسمة وحصل على 19 بطاقة صفراء وحصل على بطاقة واحدة حمراء.
ظهر النني في الدوري الإنجليزي في 88 مباراة وسجل هدفا واحدا وقدم 5 تمريرات حاسمة وحصل لعى 11 بطاقة صفراء وبطاقة واحدة حمراء، ومجموع دقائق 5.190 ألف دقيقة.
أما في مسابقة الدوري الأوروبي فقد ظهر النني مع أرسنال في 32 مباراة وسجل 3 أهداف وقدم 3 تمريرات حاسمة ونال بطاقة صفراء واحدة.
وفي دوري أبطال أوروبا شارك النني مع أرسنال في 6 مباريات وسجل هدفا واحدة وقدم تمريرة حاسمة.
شارك النني في أول مباراة مع أرسنال في الدوري الإنجليزي أمام مانشستر يونايتد في 28 فبراير 2016 وفاز الشياطين الحمر بثلاثة أهداف مقابل هدفين ولعب لمدة 20 دقيقة.
أما أول هدف قام محمد النني بصناعته مع أرسنال كان أمام مانشستر سيتي في الدوري الإنجليزي وانتهت المباراة بالتعادل الإيجابي 2/2 وشارك لمدة 76 دقيقة.
سجل النني أول هدف له مع أرسنال في الدوري الإنجليزي كان أمام نيوكاسل في 2 مايو 2021 وانتهت المباراة بفوز الجانرز بهدفين مقابل لا شيء.
ويمتلك محمد النني ذكرى رائعة مع الجانرز في موسمه الأول مع الفريق وسجل هدفا رائعا في شباك برشلونة الإسباني في 16 مارس 2016 ضمن مباراة العودة لدور الـ 16 بدوري أبطال أوروبا، وسجل هدف الجانرز الوحيد وفاز البلوجرانا بثلاثة أهداف مقابل هدف واحد.
وحمل محمد النني شارة قيادة نادي أرسنال لأول مرة في 30 أكتوبر 2020 خلال مواجهة دوندالك الأيرلندي في مسابقة الدوري الأوروبي، واصبح أول قائد مصري في تاريخ الأندية الإنجليزية.